Los aliens han invadido la tierra y capturado a todos los héroes que podrían defendernos. Con las modernas armas que tienen, los aliens se dedican a erradicar todas las formas de vida del planeta. En ese momento, Luigi y su mascota Spaghetti (un gusano) deciden liberar a todos los héroes.

Tomas el control de Luigi y Spaghetti, que te ayudarán a cumplir tu misión. Primero, tendrás que aplastar todos los huevos alien saltando sobre ellos. Luego, libera al héroe prisionero. El juego está dividido en 7 localizaciones: Egipto, la Amazonia, Italia, Camelot, Estados Unidos, Transilvania y por último la Luna. Cada lugar tiene su propio entorno y criaturas.