Ambientado veinte años después del cierre del juego original, los jugadores volverán a la tarea de tomar decisiones difíciles en el tenso conflicto que envuelve a la galaxia.

Liam, el líder de la organización combatiente de la libertad caída Xenolifer, reúne a los miembros dispersos de la vieja unidad del Sargento Burden y se embarca en una búsqueda desesperada por cambiar el pasado y evitar que la opresiva Federación Constellar llegue nunca al poder.